Det internationale humanitære samarbejde, der omfatter både FN-organisationer, private nødhjælpsorganisationer og nationale humanitære institutioner, er i høj grad forankret i Genève. Danmark yder årligt op mod 2 mia. kr. i humanitær bistand og har klare interesser i, at den samlede indsats koordineres effektivt og leveres på grundlag af de internationale humanitære principper om neutralitet og upartiskhed.

FN’s Flygtningehøjkommissariat (UNHCR) har til opgave at sikre flygtninge beskyttelse og økonomisk bistand, indtil der kan findes varige løsninger i form af tilbagevenden til hjemlandet, lokal integration i nabolande eller genbosætning i tredjelande. Danmark deltager aktivt i det multilaterale samarbejde omkring løsningen af ikke mindst langvarige flygtninge- og fordrivelseskriser. Danmark yder et årligt grundbidrag på 320,5 mio. kr. til UNHCR, hvortil kommer bidrag i aktuelle flygtningesituationer rundt om i verden.
 
FN's Kontor for nødhjælpskoordination (OCHA) har hovedkvarter i New York og en afdeling i Genève, der står for den praktiske koordination af de multilaterale nødhjælpsappeller og arbejdsdelingen i konkrete katastrofesituationer, hvad enten der er tale om politisk forårsagede konflikter eller naturkatastrofer. Danmark arbejder målrettet for at styrke det internationale humanitære system gennem bedre ledelse, større faglig fokusering, mere effektive finansieringsmekanismer og udvikling af konkrete partnerskaber. Danmark yder et årligt grundbidrag til OCHA på 30 mio. kr., hvortil kommer bidrag til FN’s Humanitære Fond (CERF), der administreres af OCHA.

Røde Kors, den Internationale Røde Kors Komité (ICRC) arbejder for at beskytte og hjælpe mennesker, der er ofre for væbnede konflikter eller andre voldelige situationer. ICRC er endvidere med til at sikre, at det internationale humanitære system fortsat er solidt forankret i den humanitære folkeret. Danmark yder et årligt grundbidrag på 20 mio. kr. til ICRC og støtter herudover også organisationens arbejde i konkrete humanitære krisesituationer.

Danmark arbejder endvidere sammen med den internationale organisation for migration (IOM), hvis fokus er at sikre en koordineret håndtering af migrationsspørgsmålet, samt med det globale forum for migration og udvikling (GFMD) der adresserer sammenhængen mellem migration og udvikling.

Ud over UNHCR, OCHA, ICRC, IOM og GFMD arbejder den danske mission sammen med en række private nødhjælpsorganisationer som Dansk Flygtningehjælp, Føderationen af Røde Kors-Selskaber (IFRC), Centre for Humanitarian Dialogue og paraplyorganisationen for de humanitære- og menneskerettighedsrelaterede ngo’er, International Council of Voluntary Agencies (ICVA).